CoritibaEm 2003, Rafinha foi contratado pelo Coritiba, contribuindo de imediato na conquista do Campeonato Paranaense daquele ano. Foi titular no Brasileirão de 2003, ajudando o time a classificar-se para a Copa Libertadores da América de 2004

Schalke 04Acertou com o Schalke 04 por quatro anos. Logo em sua chegado ao clube alemão, Rafinha se tornou titular da posição, mesmo tendo características predominantes ofensivas, algo não muito admirado para laterais na Alemanha.

GenoaNa temporada 2010-11, transferiu-se ao Genoa onde foi campeão da SuperCup Itália.

Bayern de MuniqueEm 01 de Junho de 2011, foi contratado pelo Bayern de Munique por três temporadas. Em 2017, renovou seu vínculo até 2019. Ficou no time durante 8 anos e ganhou 22 títulos.

FlamengoEm Junho de 2019, foi oficializado como novo reforço do Flamengo, contrato válido por 2 anos. Como titular absoluto do time, ajudou na conquista do Campeonato Carioca, Campeonato Brasileiro e da Copa Libertadores da América.

OlympiacosEm 2020, foi para o exterior onde jogou no time titular do Olympiacos. Foi campeão Grego e da Copa da Grécia

GrêmioJogou como lateral-direito no time titular do Grêmio, ajudando a conquistar o título do Campeonato Gaúcho.

São PauloEm 2022 começou a jogar como lateral direito no time titular do São Paulo, atuando como capitão do time.

São PauloEm 2023, Rafinha ajudou a equipe do São Paulo a conquistar a Copa do Brasil. Título inédito para o Clube e para o atleta.